差异代谢物筛选

通过对代谢物进行筛选,寻找差异代谢物(biomarker)。相关差异代谢物筛选条件有:

  1. p-value ≤ 0.05 且 VIP ≥ 1[1]
  2. p-value ≤ 0.05 且 fold_change ≥ 1.5或≤0.667[2]
  3. one-way ANOVA p-value ≤ 0.05[3]
  4. two-way ANOVA p-value ≤ 0.05[4]
详细含义:

筛选值 筛选值含义 筛选阈值 备注
p-value 统计学上显著差异 p-value ≤ 0.05
VIP OPLS-DA第一主成分变量重要性值投影 VIP ≥ 1
Fold change 两两组别间倍性变化 fold_change ≥1.5或≤0.667 含量差异较大
one-way ANOVA p-value 一维方差分析 p-value ≤ 0.05 主要用于时间序列,梯度浓度处理等
two-way ANOVA p-value 两因素方差分析 p-value ≤ 0.05 一般为两因素情况,如对照-处理+时间序列样本
本实验采用条件 1 进行代谢物筛选,最终获得的差异代谢物见下表:

差异信息汇总信息
  dam_DEG.xlsx(正离子模式)
dam_DEG.xlsx 包含“stats”和“ALL_DEG.xlsx”两个工作簿,其中“stats”统计了各个比对组别差异代谢物的上、下调情况,“ALL_DEG”汇总了所有比对组别的差异代谢物信息。


mz:质核比;rt:保留时间(以秒为单位);rtmin:保留时间(以分钟为单位);*_VIP:VIP值;mean_*:平均值;sd_*:标准差;fold change:倍性变化;log2(FC):倍性变化的log2值;pvalue:统计学p值;FDR:pvalue校正值
以下为差异待鉴定代谢物统计结果:
图:差异代谢物统计柱状图

代谢物上下调关系

  updownstats.csv