全靶相对定量计算

    全靶相对定量分析是基于UPLC/HRMS的代谢组学相对定量分析方法。该方法通过同位素内标混合溶液、标准曲线校正溶液和样本溶液的配制,获取标准曲线校正溶液和样本溶液的原始质谱数据,拟合线性方程并进行同位素内标优选,从而计算样本溶液中代谢物的相对定量结果。


  • 同位素内标鉴定 : 在正离子模式下鉴定到内标物质为Val-13C、Choline-d9、Phe-13C、L-carnitine-d3和betaine-d9等5种同位素内标,在负离子模式下鉴定到F-13C、Val-13C、Phe-13C、U-2-13C和VB3-d4等5种同位素内标。
  • 线性拟合与同位素内标优选 : 对样品中的每个一级变量,计算标准曲线校正样品中的对应的一级变量的峰面积,分别与正负离子模式下鉴定到的同位素内标峰面积的比值,与标准曲线的校正浓度进行线性拟合,并优选线性方程的相关系数R值最大的同位素内标,作为优选的线性方程。
  • 计算样本中一级变量的定量浓度 : 样本中代谢物的峰面积与标准曲线校正溶液中优选的同位素内标的峰面积的比值,代入上一步骤中得到的优选线性方程,计算样本中代谢物的相对定量浓度。相对定量分析的结果经过筛选后,正离子模式获得8313 个前体分子(precursor molecule),负离子模式获得 5715 个前体分子,导出数据至excel进行后续分析。
  • 为使不同量级的数据能够进行比较,对数据进行峰面积的 批次归一化(batch normalization) 。

数据相对定量结果附件


  metabolome_pos.xls(正离子模式)
  metabolome_neg.xls(负离子模式)

注:metabolome_*.xls 里面包含“raw”和“normalized”两个工作簿,其中“raw”工作簿是数据经过相对定量后的数据,“normalized”工作簿是经过归一化、QA等预处理后的数据。