• 通过Proteowizard软件（v3.0.8789）将获得的原始数据转换成mzXML格式（xcms输入文件格式）[1] 。
  • 利用R（v3.3.2）的XCMS程序包进行峰识别（peaks identification）、峰过滤（peaks filtration）、峰对齐（peaks alignment），主要参数有 bw=2, ppm=15, peakwidth=c(5, 30), mzwid=0.015, mzdiff=0.01, method=centWave 。
  • 得到包括质核比（mass to charge ratio, m/z）和保留时间（retention time,rt）及峰面积（intensity）等信息的数据矩阵；正离子模式获得 40585 个前体分子（precursor molecule），负离子模式获得 26785 个前体分子，导出数据至excel进行后续分析。
  • 为使不同量级的数据能够进行比较，对数据进行峰面积的 批次归一化（batch normalization） 。