聚类分析被用于判断代谢物在不同实验条件下的代谢模式。以不同实验条件下代谢物的相对值为代谢水平，做层次聚类（hierarchical clustering）分析，结果以热图表示。热图表现的是一个数据矩阵，通过使用颜色梯度使数据间的差异实现可视化，通过数据缩放，保留较大差异，同时也能突显较小差异。不同颜色的区域代表不同的聚类分组信息，同组内的代谢模式相似，可能具有相似的功能或参与相同的生物学过程。因此通过将代谢模式相同或者相近的代谢物聚成类，可以用来推测已知或未知代谢物的生物学功能。

本实验采用凝聚层次聚类（agglomerate hierarchical clustering）：即将每个对象归为一类，合并这些类成为越来越大的对象，直到终结。通过R（v3.3.2）中pheatmap程序包对数据集进行缩放，得到代谢物相对定量值层次聚类图如下：图中相对含量的大小通过颜色的不同来显示，其中列代表样本，行代表代谢物。