样本数据预处理
- 通过Proteowizard软件（v3.0.8789）将获得的原始数据转换成mzXML格式（xcms输入文件格式）[1] 。
- 利用R（v3.3.2）的XCMS程序包进行峰识别（peaks identification）、峰过滤（peaks filtration）、峰对齐（peaks alignment），主要参数有 bw=2, ppm=15, peakwidth=c(5, 30), mzwid=0.015, mzdiff=0.01, method=centWave。
- 得到包括质核比（mass to charge ratio, m/z）和保留时间（retention time,rt）及峰面积（intensity）等信息的数据矩阵；正离子模式获得 15000 个前体分子（precursor molecule），负离子模式获得 12000个前体分子，导出数据至excel进行后续分析。
- 为使不同量级的数据能够进行比较，对数据进行峰面积的 批次归一化（batch normalization）。
数据预处理附件
数据预处理数据文件：metabolome_pos.xls （正离子模式）
metabolome_neg.xls （负离子模式）
metabolome_*.xls 里面包含“raw”和“normalized”两个工作簿，其中“raw”工作簿是数据预处理前（即解卷积获得的）数据，“normalized”工作簿是经过归一化、QA等预处理后的数据。